Puces à ADN à l'ENS: Evaluation globale des bases de données

Cette évaluation a été réalisée courant 2002 sous la direction d'Olivier Alibert, sur la plate-forme puce à ADN du Service de Génomique Fonctionnelle CEA/Genopole d'Evry (dirigée par Xavier Gidrol).
Notre but était d'installer une base de données sur la plate-forme de façon à suivre la production des puces à ADN, leur utilisation et leur analyse. Nous avons rapidement décidé de ne pas développer Notre propre système mais d'utiliser une base existante. J'ai donc dû réaliser une évaluation des systèmes disponibles à cette époque. Devant le dynamisme du domaine, ce travail n'a pas la prétention d'être exhaustif. Ces informations ont cependant été mises à jour, elles sont globalement encore vraies. Parmi 23 bases de données, 4 ont été évalués de façon plus précise (BASE, GeneTraffic, MaxD, RAD ). Nous souhaitions ne rien manquer à propos des standards développés au MGED (Microarray Gene Expression Database group). Nous nous sommes donc beaucoup basés sur le developpement d'ArrayExpress, une implémentation du projet MAGE (MicroArray Gene Expression). Nous avons également suivi plusieurs démonstrations de projets commerciaux Resolver, Luminator et Acuity.

Pour choisir une base de données parmi celles-ci, il vous faudra d'abord déterminer des critères, qui seront dépendants de votre labo, des gens qui vous entourent, de vos objectifs...Vous devez donc premièrement vous poser les bonnes questions. Voici ceux que nous avions choisi, simplement à titre d'exemple :

Il existe tant des bases de données académiques que commerciales. Les projets académiques sont la plupart du temps gratuits si on les utilise de façon non commerciale, ce qui constitue un avantage indéniable. Le désavantage est que devrez l'installer seul, ce qui peut décourager si vous ne trouvez personne pour vous aider. Des produits commerciaux peuvent se révéler tres chers (Resolver et Luminator), d'autres seront plus abordables et peuvent être un bon choix si vous n'avez personne pour entretenir la base de données au sein de votre labo.

Vous avez le choix entre des systèmes linux et windows : le choix dépend de vos équipements et de votre savoir faire....

Quel type de puces à ADN utilisez vous ou envisagez vous d'utiliser ? La plupart des bases de données sont compatibles avec les puces ADNc/Oligo longs et Affymetrix. Quelques unes peuvent même intégrer des données de la technologie SAGE.

Certaines bases de données sont tant des bases locales que des bases de dépôt public (ArrayExpress par exemple). Il peut être avantageux de faire ce choix si l'on souhaite s'assurer un maximum de compatibilité entre l'installation locale et la base publique dans le but d'y exporter ses données avant publication. Si vous choisissez une base qui ne peut être qu'une base locale, il est toujours possible d'exporter des données dans le public via des formats d'échange : MAGE-ML est un format d'échange, dédié aux technologies d'étude de l'expression à grande échelle. Ce format tend à devenir un standard. C'est une implémentation de MAGE, projet soutenu par le MGED. MAGE est une formalisation étendue du standard MIAME (Minimal Information About Microarray Experiment). De nombreuses bases de données ont désormais adopté ces standards : le dépôt de toutes les données dans le public et le respect de MIAME sont imposés par les éditeurs avant publication, de façon à garantir la validité et de la disponibilité pour tous, du protocole dans son intégralité et des données issues de l'expérience.

BASE	GeneTraffic	Resolver and Luminator	SMD
ArrayDB	ARGUS	Acuity	AMAD
NOMAD	GeNet	ArrayExpress	GeneX Lite
Maxd	READ	HugeIndex	RAD
MAPS	GEO	Mchips	ExpressDB
LIMas	Partisan Array LIMS	Genedirector2