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Aide à l'hybridation et à l'analyse
Fontionnement
La plate-forme transcriptome peut prendre en charge la réalisation des expériences de puces à ADN et/ou l'analyse des résultats, le laboratoire demandeur
et la plate-forme étant tous deux acteurs du projet. Dans cette configuration, des discussions avant et pendant la réalisation du projet
sont indispensables afin de mener au mieux cette collaboration.
Au sein de la plate-forme, chaque projet est géré par un "superviseur" veillant au bon déroulement du
plan expérimental, et ceci en concertation avec les personnes responsables de l'hybridation et/ou de l'analyse des résultats.
Ce mode de fonctionnement est basé sur le principe de la collaboration, vous pouvez télécharger
les conditions générales de collaboration (format PDF).
Il est également possible d'obtenir une aide ponctuelle en nous contactant par courrier électronique à l'adresse
sgdb@biologie.ens.fr.
Description
Cette aide s'adresse à tous les laboratoires :
- projetant d'effectuer des expériences de puces à ADN (hybridation)
- ayant déjà des résultats de puces à ADN, et souhaitant les faire analyser (analyse)
Dans ces deux cas, il est indispensable de nous consulter le plus tôt possible afin de discuter préalablement et ensemble
du dessin expérimental (conditions à comparer, nombre de réplicats...) afin de pouvoir
exploiter de manière optimale les résultats obtenus.
L'aide à l'hybridation ne s'applique pour l'instant qu'aux
puces de notre catalogue. Le personnel de la plate-forme prend en charge les échantillons d'ARN, effectue les
différentes étapes d'amplification (si nécessaire), de marquage, d'hybridation et enfin la lecture des lames.
Des contrôles qualité sont effectués à réception des échantillons afin de s'assurer que les ARN n'ont pas
été dégradés durant le transport.
L'aide à l'analyse prend en charge des résultats de puces déjà hybridées, c'est-à-dire la partie analyse de l'image de la ou des puce(s). Dans ce cadre, nous effectuons la normalisation des
résultats ainsi que l'analyse différentielle (liste de gènes différentiellement exprimés).
Pour toute demande plus spécifique d'aide à l'hybridation (puces hors catalogue) et/ou à l'analyse
(classification), merci de nous contacter par courrier électronique à l'adresse suivante :
sgdb@biologie.ens.fr.
En pratique
- Prise de contact : vous pouvez prendre connaissance des conditions générales de collaboration qui sont décrites
ici (fichier au format PDF).
Si vous souhaitez mettre en place un tel projet, nous vous demandons de bien vouloir prendre contact
avec nous le plus tôt possible, par courrier électronique à l'adresse suivante :
sgdb_projet@biologie.ens.fr.
- Renvoi du formulaire de collaboration : nous avons mis en place un comité de plate-forme chargé de l'évaluation des demandes. Afin de
faciliter cette étape, nous vous demandons de bien vouloir remplir le formulaire de collaboration (format DOC)
qui nous permet de mieux comprendre dans quel contexte se place votre projet.
- Après acceptation du projet : prise de rendez-vous afin d'élaborer ensemble le dessin expérimental et de mettre en place un calendrier
prévisionnel.
- Enfin, l'envoi à notre équipe des échantillons (aide à l'hybridation) ou des données (aide à l'analyse)
permet le démarrage du travail prévu.
Suppléments
Télécharger les conditions générales de collaboration (format PDF).
Les conditions générales de collaboration décrivent le cadre général de l'aide à l'hybridation et à
l'analyse que nous vous proposons.
Télécharger le formulaire de collaboration
(format DOC, vous pouvez le remplir électroniquement).
Le formulaire de collaboration vous permet de nous exposer votre projet, et fournit une base à la discussion
qui mènera à l'élaboration du plan expérimental répondant à vos objectifs.
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