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Les protocoles de la plate-forme transcriptome
Sur cette page vous trouverez tous les protocoles que nous utilisons sur la
plate-forme pour les expériences de puces à ADN. Toutes les références
et tous les fournisseurs mentionnés dans les protocoles ci-dessous sont
ceux que nous utilisons et que nous recommandons. Toutefois il n'y a aucune
obligation à utiliser ces produits et fournisseurs particuliers.
Les étapes expérimentales de la manipulation des
puces :
Les différents protocoles sont disponibles sous deux formats. Soit sous
forme de plusieurs pages HTML disponibles en ligne sur le site, soit sous forme
d'un seul document au format PDF téléchargeable.
Pour la lecture des documents PDF, vous pouvez obtenir
gratuitement le logiciel de lecture Acrobat
Reader auprès d'Adobe. |
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Tutoriels vidéos :
Ces vidéos ont pour but de vous aider dans les étapes les plus délicates
de l'utilisation des puces à ADN. Toutes les vidéos de ce site sont au
format QuickTime Movie (.mov).
Vous pouvez télécharger gratuitement le
logiciel
QuickTime
de visualisation auprès d'Apple. |
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Les étapes
de lavages après pré-hybridation :
Dans
cette vidéo nous vous présentons une méthode de lavage
à l'aide de tubes Falcon de 50ml. Vous verrez également
comment supprimer l'excès d'isopropanol de la lames au dernier
lavage après la pré-hybridation.
Film QuickTime : slide_washing_steps.mov
(
3.2 Mb )
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Hybridation de
la puce à ADN :
Ce
film montre comment préparer la chambre à hybridation, déposer
la cible d'ADNc marqués sur la lame et recouvrir la puce à
ADN avec une lamelle.
Film QuickTime : slide_hybridization.mov
(
1.4 Mb )
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Incubation de la puce
à ADN sur la nuit :
Dans
ce film vous verrez la façon dont effectuons l'incubation de nos
lames en bain-marie pendant toute la nuit.
Film QuickTime : slide_water_bath.mov
(
900.9 Kb )
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La première
étape de lavage :
Dans
ce film vous verrez comment effectuer le premier lavage à la sortie
du bain-marie après incubation de la puce à ADN. Cette étape
est importante car c'est le moment où la lamelle se détache
de la lame. Il est donc important lorsque la lamelle est tombée
au fond du tube falcon de retourner la lame afin que les spots d'ADN ne
puissent plus rentrer en contact avec la lamelle.
Film QuickTime : first_washing_step.mov
( 2.8 Mb
)
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Séchage
par centrifugation de la puce à ADN :
Sur
ce film vous verrez l'étape de séchage de la lame. La méthode
de séchage décrite utilise la centrifugation dans des portoirs
pour micro-plaques de 96 puits.
Film QuickTime : slide_centrifugation.mov
(
2.9 Mb )
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Lecture de la puce à
ADN sur les scanner GenePix 4000 :
Ce
film a pour but de vous expliquer comment orienter correctement la lame
à l'intérieur du scanner. En effet, si la lame n'est pas
correctement orientée (étiquette vers le haut), la grille
ne vous donnera pas la position correcte des spots et l'interprétation
des résultats sera fausse.
Film QuickTime : slide_scanning.mov
(
1.2 Mb )
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