Plate-forme Transcriptome Service de Genomique Departement de Biologie Ecole Normale Superieure
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Les protocoles de la plate-forme transcriptome

Sur cette page vous trouverez tous les protocoles que nous utilisons sur la plate-forme pour les expériences de puces à ADN. Toutes les références et tous les fournisseurs mentionnés dans les protocoles ci-dessous sont ceux que nous utilisons et que nous recommandons. Toutefois il n'y a aucune obligation à utiliser ces produits et fournisseurs particuliers.

Les étapes expérimentales de la manipulation des puces :

Les différents protocoles sont disponibles sous deux formats. Soit sous forme de plusieurs pages HTML disponibles en ligne sur le site, soit sous forme d'un seul document au format PDF téléchargeable.

Pour la lecture des documents PDF, vous pouvez obtenir
gratuitement le logiciel de lecture Acrobat Reader auprès d'Adobe.

Levure

Souris
15k, NeuroDev2
Souris
Synapse
Souris
22k
Protocole complet (un seul document)
PDF (32.1 Kb)
PDF (145.6 Kb)
PDF (108.7 Kb)
PDF (84.2 Kb)
Préparation des ARN

HTML

Non disponible
Synthèse des ADNc et marquage
Hybridation et lavage de la puce à ADN
   
  Production des lames
Contrôle de qualité SYBR Green

Tutoriels vidéos :

Ces vidéos ont pour but de vous aider dans les étapes les plus délicates de l'utilisation des puces à ADN. Toutes les vidéos de ce site sont au format QuickTime Movie (.mov).

Vous pouvez télécharger gratuitement le logiciel
QuickTime de visualisation auprès d'Apple.

Les étapes de lavages après pré-hybridation :

Dans cette vidéo nous vous présentons une méthode de lavage à l'aide de tubes Falcon de 50ml. Vous verrez également comment supprimer l'excès d'isopropanol de la lames au dernier lavage après la pré-hybridation.
Film QuickTime : slide_washing_steps.mov ( 3.2 Mb )

Hybridation de la puce à ADN :

Ce film montre comment préparer la chambre à hybridation, déposer la cible d'ADNc marqués sur la lame et recouvrir la puce à ADN avec une lamelle.
Film QuickTime : slide_hybridization.mov ( 1.4 Mb )

Incubation de la puce à ADN sur la nuit :

Dans ce film vous verrez la façon dont effectuons l'incubation de nos lames en bain-marie pendant toute la nuit.
Film QuickTime : slide_water_bath.mov ( 900.9 Kb )

La première étape de lavage :

Dans ce film vous verrez comment effectuer le premier lavage à la sortie du bain-marie après incubation de la puce à ADN. Cette étape est importante car c'est le moment où la lamelle se détache de la lame. Il est donc important lorsque la lamelle est tombée au fond du tube falcon de retourner la lame afin que les spots d'ADN ne puissent plus rentrer en contact avec la lamelle.
Film QuickTime : first_washing_step.mov ( 2.8 Mb )

Séchage par centrifugation de la puce à ADN :

Sur ce film vous verrez l'étape de séchage de la lame. La méthode de séchage décrite utilise la centrifugation dans des portoirs pour micro-plaques de 96 puits.
Film QuickTime : slide_centrifugation.mov ( 2.9 Mb )

Lecture de la puce à ADN sur les scanner GenePix 4000 :

Ce film a pour but de vous expliquer comment orienter correctement la lame à l'intérieur du scanner. En effet, si la lame n'est pas correctement orientée (étiquette vers le haut), la grille ne vous donnera pas la position correcte des spots et l'interprétation des résultats sera fausse.
Film QuickTime : slide_scanning.mov ( 1.2 Mb )





Cette page est également disponible en anglais | Dernière mise à jour : 7/9/2011 - 11:17
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