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12-16 Décembre 2005, Master (M2) SPGF Paris VII :
Travaux Pratiques sur les puces à ADN
Cours et supports multimédias
- Méthodes bioinformatique d'analyse des puces à ADN, partie
1, analyse d'image et normalisation - Stéphane LE CROM - Présentation
au format PDF (18.5 Mb)
- Statistiques et puces à ADN : l’importance du design expérimental
- Stéphane LE CROM - Présentation
au format PDF (863 Kb)
Travaux pratiques : protocoles expérimentaux
- Document détaillant les différents protocoles mis en oeuvre
pendant la partie pratique - Document
au format PDF (97.4 Kb)
Tous les protocoles expérimentaux décrits et
utilisés pendant cette formation sont ceux de la plate-forme transcriptome.
Ces protocoles au format HTML et PDF sont disponibles
dans la section "protocoles" du site de la plate-forme. Des tutoriaux
vidéos sont égalements disponibles.
Travaux dirigés : analyse informatique des images
et normalisation des données
- Document détaillant les différentes étapes effectuées
lors de l'analyse de l'image - Document
au format PDF (4 Mb)
- Grille d'analyse indiquant l'identification de chaque spot - Fichier
au format .GAL (1.2 Mb)
- Quelques informations à connaître pour bien exploiter Excel
durant cette formation - Document
au format PDF (808.9 Kb)
- Document détaillant les différentes étapes effectuées
lors de la normalisation des résultats - Document
au format PDF (98.5 Kb)
- Lien vers le script R
qui sera utilisé pendant le TD
Travaux dirigés : recherche de gènes significatifs
dans des expériences répétées
- Document sur le prétraitement des données avant l'utilisation
de méthodes de regroupement - Document
au format PDF (925.4 Kb)
- Document détaillant les différentes étapes de la recherche
de gènes significatifs - Document
au format PDF (941.8 Kb)
- Données utilisables comme exemple pour GEPAS - Fichier
au format TXT (729.6 Kb)
- Données utilisables comme exemple pour SAM - Fichier
au format TXT (505.6 Kb)
Travaux dirigés : comparaison de plusieurs expériences
- Document sur le classification des données d'expression à
l'aide de méthodes de regroupement - Document
au format PDF (2 Mb)
- Matrice d'expression utilisée pour le regroupement - Fichier
au format .TXT (4.9 Kb)
Liens et références
Pour aller plus loin :
- Site
du cours sur l'analyse statistique des données de puces à ADN
de Jacques Van Helden
- À lire : Microarray Bioinformatics de Dov Stekel aux éditions
Cambridge University Press
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