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Formations / 13-17 Décembre 2004 INSTN
13-17 Décembre 2004, Master Paris VII Sciences de la Vie et de la
Santé spécialité Génome et Protéines :
Travaux Pratiques sur les puces à ADN
Travaux pratiques : protocoles expérimentaux
 Tous
les protocoles expérimentaux décrits et utilisés pendant
cette formation sont ceux de la plate-forme transcriptome. Ces protocoles au
format HTML et PDF sont disponibles dans la section
"protocoles" du site de la plate-forme. Des tutoriaux vidéos
sont égalements disponibles.
Travaux dirigés : analyse informatique des images
et normalisation
- Le logiciel GenePix Pro utilisé pour cette formation est décrit
dans la section "outils d'analyse"
du site de la plate-forme
- Grille d'analyse indiquant l'identification de chaque spot - Fichier
au format .GAL (352.7 Kb)
- Exemple de fichier de résultat du logiciel GenePix - Fichier
au format .GPR (2.5 Mb)
- Les outils utilisés pour la normalisation des données sont
décrits dans la section "outils
d'analyse" du site de la plate-forme
Travaux dirigés : comparaison de plusieurs expériences
- Matrice d'expression utilisée d'après les études de
cinétique de la chimère PDR1 - Fichier
au format .TXT (619.6 Kb)
- Matrice après application du centrage et de la réduction par
expérience (Excel) - Fichier
au format .TXT (475.4 Kb)
- Matrice après gestion des valeurs manquantes et des réplicats
(GEPAS) - Fichier au format .TXT
(243.5 Kb)
- Matrice après filtrage à l'aide de la racine carrée
des moyennes (GEPAS) - Fichier
au format .TXT (66 Kb)
Liens et références
Pour aller plus loin :
- Site
du cours sur l'analyse statistique des données de puces à ADN
de Jacques Van Helden
- À lire : Microarray Bioinformatics de Dov Stekel aux éditions
Cambridge University Press
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