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9-13 Février 2004, Les Biopuces
Cours et supports multimédias
- Intro2 et Intro3 : Quelques notions de génomique fonctionnelle :
l ’exemple des puces à ADN - Frédéric DEVAUX
- Présentation au format
PDF (8.1 Mb)
- Intro4 : Integration de la prévention aux protocoles expérimentaux
- Jacques SIMONS - Présentation
au format PDF (466.4 Kb)
- Sem1 : Méthodes bioinformatique d'analyse des puces à
ADN, partie 1 - Stéphane LE CROM - Présentation
au format PDF (14.5 Mb)
- Sem3 : Méthodes bioinformatique d'analyse des puces à
ADN, partie 2 - Gaëlle LELANDAIS - Présentation
au format PDF (1.2 Mb)
- Sem4 : Quelques leçons tirées de l’étude
du transcriptome de la levure - Claude JACQ - Présentation
au format PDF (7.9 Mb)
- Sem5 : CGH array et carte d'identité des tumeurs - Alain AURIAS
- Présentation au format
PDF (6.4 Mb)
- Sem6 : Utilisation des puces Affymetrix - François RADVANYI
- Présentation au format
PDF (28.9 Mb)
- Sem7 : Puces dédiées et applications des puces à
ADN aux neurosciences - Marie-Claude POTIER - Présentation
au format PDF (30.7 Mb)
- Sem8 : Méthodes statistiques pour l'analyse des puces à
ADN - Tristan MARY-HUARD - Présentation
au format PDF (1.1 Mb)
Travaux pratiques : protocoles expérimentaux
- Document détaillant les différents protocoles mis en oeuvre
pendant la partie pratique - Document
au format PDF (164.2 Kb)
Tous les protocoles expérimentaux décrits et
utilisés pendant cette formation sont ceux de la plate-forme transcriptome.
Ces protocoles au format HTML et PDF sont disponibles
dans la section "protocoles" du site de la plate-forme. Des tutoriaux
vidéos sont égalements disponibles.
Travaux dirigés : analyse informatique des images
et normalisation des données
- Document détaillant les différentes étapes effectuées
lors de l'analyse de l'image - Document
au format PDF (63.9 Kb)
- Grille d'analyse indiquant l'identification de chaque spot - Fichier
au format .GAL (352.7 Kb)
- Le logiciel GenePix Pro utilisé pour cette formation est décrit
dans la section "outils d'analyse"
du site de la plate-forme
- Quelques informations à connaître pour bien exploiter Excel
durant cette formation - Document
au format PDF (808.9 Kb)
- Document détaillant les différentes étapes effectuées
lors de la normalisation des résultats - Document
au format PDF (616.3 Kb)
- Lien vers la copie
locale de VARAN qui sera utilisée pendant la formation
- Les outils utilisés pour la normalisation des données (VARAN)
sont décrits dans la section "outils
d'analyse" du site de la plate-forme
Travaux dirigés : recherche de gènes significatifs
dans des expériences répétées
- Document détaillant les différentes étapes de la recherche
de gènes significatifs - Document
au format PDF (798.2 Kb)
- Données utilisées comme exemple pour SAM - Fichier
au format XLS (1.4 Mb)
Travaux dirigés : comparaison de plusieurs expériences
- Document sur le prétraitement des données avant l'utilisation
de méthodes de regroupement - Document
au format PDF (888.6 Kb)
- Document sur le classification des données d'expression à
l'aide de méthodes de regroupement - Document
au format PDF (487.4 Kb)
- Matrice d'expression utilisée d'après les études de
cinétique de la chimère PDR1 - Fichier
au format .TXT (619.6 Kb)
- Matrice après application du centrage et de la réduction par
expérience (Excel) - Fichier
au format .TXT (475.4 Kb)
Liens et références
Pour aller plus loin :
- Site
du cours sur l'analyse statistique des données de puces à ADN
de Jacques Van Helden
- À lire : Microarray Bioinformatics de Dov Stekel aux éditions
Cambridge University Press
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