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24-26 Novembre 2003, Les Puces à ADN : Pourquoi ? Comment ?
Cours théoriques et présentations multimédias
- Mise en pratique : qui, quoi, comment ? - Anca LUCAU-DANILA -
Présentation au format PDF
(27.5 Mb)
- Analyse bioinformatique des puces à ADN, partie 1 - Stéphane
LE CROM - Présentation au
format PDF (14.4 Mb)
- Analyse bioinformatique des puces à ADN, partie 2- Stéphane
LE CROM - Présentation au
format PDF (8.9 Mb)
- Les différents outils disponibles pour l'analyse des puces à
ADN - Stéphane LE CROM, Gaëlle LELANDAIS - Présentation
au format PDF (4.3 Mb)
Travaux pratiques : protocoles expérimentaux
 Tous
les protocoles expérimentaux décrits et utilisés pendant
cette formation sont ceux de la plate-forme transcriptome. Ces protocoles au
format HTML et PDF sont disponibles dans la section
"protocoles" du site de la plate-forme. Des tutoriaux vidéos
sont égalements disponibles.
Images
de la lecture des lames obtenues lors de la formation. Ces images sont au format
TIFF et contiennent les deux lectures à 635 et 532 nm des lames
obtenues avec le scanner Axon GenePix 4000B. Attention, ces images sont de taille
très importante, il est préférable de les télécharger
à partir d'une connexion à Internet rapide.
- Lame 34 (33.1 Mb)
- Lame 35 (31.2 Mb)
- Lame 36 (33.1 Mb)
- Lame 37 (33.1 Mb)
- Lame 38 (33.1 Mb)
- Lame 39 (31.2 Mb)
- Lame 40 (31.2 Mb)
- Lame 41 (33.1 Mb)
- Lame 42 (33.1 Mb)
- Lame 43 (33.1 Mb)
Travaux dirigés : analyse informatique des images
- Le logiciel GenePix Pro utilisé pour cette formation est décrit
dans la section "outils d'analyse"
du site de la plate-forme
- Exemple de fichiers images d'une expérience YRR1gof Cy5 contre la
souche sauvage SEY Cy3
- La lame utilisée pour cette expérience porte le numéro
22/10/2003_1A_023
- 3 niveaux de scan différents sont disponibles, images au format
TIFF :
- Scan de niveau faible : Cy5
(13.9 Mb)
- Cy3 (13.9 Mb)
- Scan de niveau intermédiaire : Cy5
(13.9 Mb)
- Cy3 (13.9 Mb)
- Scan de niveau fort : Cy5
(13.9 Mb)
- Cy3 (13.9 Mb)
- Grille d'analyse indiquant l'identification de chaque spot - Fichier
au format .GAL (352.7 Kb)
- Exemple de fichier de résultat du logiciel GenePix - Fichier
au format .GPR (2.5 Mb)
- Les outils utilisés pour la normalisation des données sont
décrits dans la section "outils
d'analyse" du site de la plate-forme
- Document détaillant les différentes étapes effectuées
lors de l'analyse de l'image et de la normalisation - Document
au format PDF (63.9 Kb)
Travaux dirigés : comparaison de plusieurs expériences
- Matrice d'expression utilisée d'après les études de
cinétique de la chimère PDR1 - Fichier
au format .TXT (619.6 Kb)
- Matrice après application du centrage et de la réduction par
expérience (Excel) - Fichier
au format .TXT (475.4 Kb)
- Matrice après gestion des valeurs manquantes et des réplicats
(GEPAS) - Fichier au format .TXT
(243.5 Kb)
- Matrice après filtrage à l'aide de la racine carrée
des moyennes (GEPAS) - Fichier
au format .TXT (66 Kb)
- Document détaillant les différentes étapes de l'analyse
d'une série de données - Document
au format PDF (102.4 Kb)
Liens et références
Pour aller plus loin :
- Site
du cours sur l'analyse statistique des données de puces à ADN
de Jacques Van Helden
- À lire : Microarray Bioinformatics de Dov Stekel aux éditions
Cambridge University Press
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